Bediüzzaman, ömrünün sonlarında neşrettiği mektublarda kabrinin gizli olmasını vasiyet eder. "Benim kabrimi gayet gizli bir yerde... bir iki talebemden başka hiç kimse bilmemek lazım geliyor. Bunu vasiyet ediyorum." 1960 da (hicri 1379 da) Urfa'da vefat eder. Halilurrahman dergahına defnedilir. Talebeleri hayret içindedirler. Çünkü, o güne kadar Bediüzzaman'ın her dediğinin çıktığını görürlerken, kabrinin bilinmemesi meselesi çıkmamıştır. Her gün, binlerce insan, kabrini ziyaret etmektedir. İşin sırrı 27 Mayıs İhtilali'yle ortaya çıkar. İhtilal hükümetinin emriyle, 12 Temmuz 1960'da gece yarısı Bediüzzaman'ın kabri parçalanır. Na'şı bir uçakla Isparta istikametine götürülür. Talebeleri o zaman Bediüzzaman'ın vasiyetini ve şu sözlerini daha iyi anlarlar: "Yıkılmış bir mezarım ki, yığılmıştır içinde Saîd'den yetmiş dokuz emvat, baâsam alâma Sekseninci olmuştur mezara bir mezar taş Beraber ağlıyor hüsran-ı İslâma..."( bk. Sözler, Lemeât, Ed-Dâi.)
