Osmanlı devletinin kabeye yaptığı hizmetler Kâbe’nin yapısı 1040 (1630) yılına kadar Emevi ve Abbasi Dönemi’ndeki tamiratlar dışında herhangi bir değişikliğe uğramadan devam etmiştir. 16. yüzyılın sonlarına doğru kuzeybatı duvarında tehlikeli boyutlarda çatlamalar meydana gelmiş, fakat İstanbul uleması Kâbe’nin yıkılıp yeniden yapılmasının caiz olmadığına karar vermiştir. Daha sonra I. Ahmet, Başmimar Mehmet Ağa’dan harap durumdaki Kâbe’nin yıkılma tehlikesine karşı önlem alınmasını istemiş, hazineden de gerekli tahsisat ayrılmıştır. Muharrem 1021’de (Mart 1612) yapılan ve 80 bin altın harcanan bu tamiratta duvarlar, yıkılmış olan kısımları tamamlandıktan sonraİstanbul’da hazırlanan altın ve gümüşlerle süslü dört ayak ve on altı kirişten oluşan demir kuşaklarla takviye edilmiş, ahşap çatı elden geçirilmiş, eskiyen yağmur oluğu sökülüp yerine güm üş kaplama üzerine altın süslemeli yeni bir oluk takılmıştır. Bu arada kapı kemeri yenilenmiş ve üzerindeki gümüş kitabe levhası alınarak yerine altın bir kitabe levhası konulmuştur. IV. Murat zamanında Mekke o güne kadar görülmemiş şiddette bir fırtına ve sel baskınına maruz kaldı. 1039 (1629-30) yılında sular Mescid-i Haram’a girerek Kâbe duvarlarının yarısına kadar çıktı ve ertesi gün akşama doğru kuzeybatı duvarı tamamen, kuzeydoğu duvarı kapıya kadar, güneybatı duvarının da altıda bir kadarı yıkıldı. Mekke emiri ilim adamlarını toplayarak ne yapılması gerektiği hususunda görüş aldıktan sonra Kâbe’nin etrafını tahtalarla kapattırıp üzerine yeşil bir örtü örttürür ve durumu İstanbul’a bildirir. Bunun üzerine Mısır’dan Mimar Rıdvan Ağa ile Medine Kadısı Mehmet Efendi, Kâbe’nin yapımına memur edilir. Temmuz 1631’e kadar yaklaşık altı buçuk ay süren bu çalışmalar sırasında Hacer-i Esvet köşesi hariç bütün duvarlar temellerine kadar taş taş sökülerek orijinalitesine dokunulmadan yeniden yapılır. Yıpranmış ve harap olmuş kısımlar yenileriyle değiştirilir. 1517 yılında Mısır’ın fethiyle Kâbe’nin örtüsünü yaptırma Osmanlı padişahlarına geçti ve Yavuz Sultan Selim, Kâbe örtülerinin eskiden olduğu gibi yine Mısır’dan gönderilmesini istedi. Kanuni Sultan Süleyman zamanından itibaren Kâbe’nin dış örtüsü Mısır’da, iç örtüsü İstanbul’da hazırlanmaya başlandıancak iç örtünün kumaşıyine Mısır’da dokunuyordu. Nihayet III. Ahmet Döneminden itibaren kumaşların tamamının İstanbul’da dokunması âdet oldu. İç örtü İstanbul’dan, son olarak 1861’de, tahta çıkışı münasebetiyle Sultan Abdülaziz tarafından gönderildi ve 1943 yılına kadar kullanıldı. Kâbe’nin örtüleri Osmanlılar Dönemi’nde uzun bir süre yeşil, daha sonra siyah atlastan yapılmıştır. Hicaz’ın Osmanlı idaresine girmesinin ardından her yıl Kâbe’nin yıkanması ve kokulandırılması için Haremeyn tahsisatından pay ayrılmıştır. I. Dünya Savaşı sırasında Mekke Emiri Şerif Hüseyin, Osmanlı Devleti’ne karşı ayaklanınca örtülerin ikisi de yine Mısır’dan gönderilmeye başlandı.
